Proizvodi

Patogeni molekularni putovi kod ciroznih bolesti jetre kao što su virus hepatitisa C (HCV), autoimuni hepatitis (AIH) i primarna bilijarna ciroza (PBC) slabo su karakterizirani.Diferencijalno izraženi geni često su važni u patogenezi bolesti.Supresijska suptraktivna hibridizacija (SSH) je pristup koji se odnosi na cijeli genom koji obogaćuje transkripte mRNA različito izražene.Cilj nam je bio napraviti nova opažanja diferencijalne ekspresije gena u cirozi koristeći SSH u kombinaciji s kvantitativnom lančanom reakcijom polimeraze reverzne transkriptaze u stvarnom vremenu (RT-PCR).Jetreni transkriptomi kod HCV ciroze, AIH ciroze, PBC-a i neoboljelog jetrenog tkiva ispitani su pomoću SSH.Rezultirajući komplementarni DNA (cDNA) klonovi ponovno su ispitani na diferencijalnu ekspresiju dot-blot hibridizacijom i zatim sekvencirani.Ekspresija odabranog gena kvantificirana je RT-PCR-om u stvarnom vremenu.Nakon SSH, 694 klona su ponovno pretražena na diferencijalnu ekspresiju gena, od kojih je 145 sekvencirano i utvrđeno je da potječu od 89 različitih gena.Sedam klonova bilo je homologno samo s eksprimiranim sekvencama oznake sekvence (EST) koje kodiraju gene koji nemaju poznatu funkciju.Regulirana ekspresija četiriju gena potvrđena je RT-PCR-om u stvarnom vremenu: transmembranski 4 superobitelj član 3 (tetraspanin CO-029) u svim oblicima ciroze, hedgehog interacting protein (HIP) u AIH cirozi i chitinase 3-like-1 (HC gp-39 ili ykl-40) i ponavljanje arginin-glutaminske kiseline (RERE) kod HCV ciroze.Polimorfizmi gena RERE i varijante spajanja uočeni su u svim ispitivanim tkivima.Pojačana regulacija tetraspanina CO-029 primarno je bila lokalizirana na stanice žučnih duktula.U zaključku, nova opažanja diferencijalne ekspresije gena u ljudskoj cirozi napravljena su korištenjem SSH kao primarnog alata za otkrivanje.Osobito su opravdana daljnja istraživanja gena RERE i njegovih produkata kod bolesti jetre povezane s HCV-om.