Proizvodi

Analiza fosforilacijskih događaja na cijelom proteomu još uvijek je veliki analitički izazov zbog ogromne složenosti fosforilacijskih mreža proteina.U ovom radu procjenjujemo komplementarnost Lys-N, Lys-C i tripsina s obzirom na njihovu sposobnost da doprinesu globalnoj analizi fosfoproteoma.Rafinirana verzija jake kationske izmjene s niskim pH korištena je za učinkovito odvajanje acetiliranih, fosforiliranih i nemodificiranih peptida na N-kraju.Ukupno 5036 neredundantnih fosfopeptida moglo se identificirati sa stopom lažnog otkrivanja <1% iz 1 mg proteina korištenjem kombinacije triju enzima.Naši su podaci otkrili da je preklapanje između skupova podataka o fosfopeptidima generiranih s različitim proteazama bilo marginalno, dok je preklapanje između dva slično generirana skupa podataka o triptiku bilo najmanje 4 puta veće.Na taj je način paralelna uporaba Lys-N-a i tripsina omogućila povećanje od 72% u broju detektiranih fosfopeptida u usporedbi sa samim tripsinom, dok je eksperiment s ponavljanjem tripsina doveo do povećanja od samo 25%.Dakle, kada smo se usredotočili isključivo na podatke o tripsinu i Lys-N, identificirali smo 4671 neredundantnih fosfopeptida.Daljnja analiza otkrivenih mjesta pokazala je da su skupovi podataka Lys-N i tripsina obogaćeni značajno različitim motivima fosforilacije, dodatno dokazujući da su pristupi multiproteazama vrlo vrijedni u analizama fosfoproteoma.