Proizvodi

Nedavno smo izvijestili da se piren nukleotid preferencijalno umeće nasuprot abazičnog mjesta, 3'-T timinskog dimera i većine neoštećenih baza pomoću DNA polimeraze kvasca eta (pol eta).Budući da je piren nepolarna molekula bez sposobnosti H-vezivanja, neobično visoka učinkovitost umetanja dPMP-a pripisuje se njegovoj superiornoj sposobnosti slaganja baza i naglašava važnost slaganja baza u odabiru nukleotida pomoću pol eta.Kako bismo istražili ulogu H-veze i geometrije para baza u odabiru nukleotida pomoću pol eta, odredili smo učinkovitost umetanja bazno modificiranih nukleotida 2,6-diaminopurina, 2-aminopurina, 6-kloropurina i inozina koji bi napravite različiti broj H-veza s bazom predloška ovisno o geometriji para baza.Čini se da Watson-Crickovo uparivanje baza igra važnu ulogu u odabiru nukleotidnih analoga za umetanje nasuprot C i T, što je dokazano smanjenjem relativne učinkovitosti umetanja sa smanjenjem broja Watson-Crickovih H-veza i povećanjem broj interakcija donor-donor i akceptor-akceptor.Selektivnost umetanja nukleotida veća je nasuprot 5'-T nego 3'-T dimera timina, u skladu s prethodnim radom koji sugerira da se 5'-T drži čvršće od 3'-T.Nadalje, čini se da je umetanje A nasuprot oba Ts dimera posredovano Watson-Crickovim uparivanjem baza, a ne Hoogsteenovim uparivanjem baza na temelju gotovo identične učinkovitosti umetanja A i 7-deaza-A, od kojih potonjem nedostaje H- sposobnost lijepljenja na N7.Relativna učinkovitost za umetanje nukleotida koji mogu formirati Watson-Crickove parove baza paralelna je s onima za Klenow fragment, dok Klenow fragment jače diskriminira nepodudarnosti, u skladu sa svojom većom selektivnošću oblika.Ovi rezultati naglašavaju važnost H-veze i geometrije para baza Watson-Crick u odabiru nukleotida i pol eta i Klenovog fragmenta, te manju ulogu odabira oblika u umetanju pol eta zbog svoje otvorenije i manje ograničeno aktivno mjesto.